TUTORIAL SOFTWARE AVOGADRO

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
• Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
• Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
• Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. 

Cara memasang software AVOGADRO di Linux (Sekar OS):

    Cara I

a. Klik Start

b. Klik Ubuntu Software Center

c. Klik Science & Engineering pada list bagian kiri

d. Klik Chemistry

e. Klik Tombol Install pada Software AVOGADRO

     Cara II

a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator

b. Ketik: sudo apt-get install Avogadro

c. Klik Enter 

     Cara III

a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator

b. Ketik: sudo dpkg -i (avogadro).deb

c. Klik Enter

Berikut adalah tampilan yang muncul ketika anda pertama kali membuka aplikasi avogadro ini :

Gambar 1.1

 

Pilih unsur yang menjadi komponen dari senyawa yang akan anda buat,misalnya anda ingin membuat kristal H₂O,sehingga anda membutuhkan satu atom oksigen dan 2 atom hidrogen. Pilih unsur dengan cara mengklik “element” yang ada di sebelah kiri atas,pilih oksigen kemudian klik’an pada layar object.

      

 

  Gambar 1.2

Pada gambar 1.3 muncul satu bulatan yang merupakan atom Oksigen yang telah anda pilih. Langkah selanjutnya adalah anda memilih kembali unsur yang anda butuhkan,yaitu 2 atom Hidrogen dengan cara yang sama ketika anda memilih atom oksigen (pilih unsur). Setelah anda memilih unsur kedua,anda dapat mendrag dari atom pertama sehingga terbentuk ikatan antara atom unsur pertama dengan atom unsur kedua. Perlakuan yang sama dilakukan untuk kedua atom hidrogen.

Gambar 1.3

Gambar diatas merupakan gambar dari kristal H₂O yang telah anda buat. Anda dapat mengukur panjang dan sudut ikatan dengan cara mengklik “measurement” seperti gambar berikut:

  Gambar 1.4

Anda juga dapat melihat bentuk molekul dari berbagai sudut pandang dengan mengklik “manipulation tools” atau “auto rotation”.

   

  Gambar 1.5

Demikian untuk Tutorial Software Avogadro, Terima Kasih :)