Ok kembali ke tujuan semula, saya akan praktikkan menggambar molekul PCl5
menggunakan Software Hyperchem 8.
Cara memasang software Hypercheml di Linux (Sekar OS):
Cara I
a. Klik Start
b. Klik Ubuntu Software Center
c. Klik Science & Engineering pada list bagian kiri
d. Klik Chemistry
e. Klik Tombol Install pada Software Hyperchem
Cara II
a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator
b. Ketik: sudo apt-get install Hyperchem
c. Klik Enter
Cara III
a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator
b. Ketik: sudo dpkg -i (Hyperchem).deb
c. Klik Enter
1.
Dengan menggunakan Windows, kita mulai
dari klik Start, All Program, Hyperchem Release x, Hyperchem
4. Berikutnya add hidrogen dari menu Build kemudian klik Add
hidrogen untuk memunculkan atom H, meskipun atom H tampilannya
bertumpuk kita bisa memutar dengan klik tool rotate out of plane sesuai
langkah yang terterah pada gambar. Cara menyeleksi atom H yang akan diganti
dengan Cl adalah dengan klik tool select hingga berubah warna.
1.5. Selanjutnya ubah atom H dengan atom Cl
hingga atom H menjadi Cl, caranya klik menu Build, Default Element (akan
muncul semacam tabel periodik dan pilih Cl), klik-kan tepat di tengah bulatan
seleksi atom H tadi, kalau sudah berubah menjadi Cl artinya sudah terganti H
menjadi Cl. Lakukan pada semua H sebagaimana yang diinginkan.
6. Lakukan optimasi geometri agar bentuk
molekulnya menjadi benar secara kimia komputasi dengan standar hitungan dengan
menggunakan salah satu metode, misalnya di sini saya gunakan metode Molecular
Mechanic. Klik menu Setup pada menu bar. Klik Molecular
Mechanic hingga tercentang terus klik Ok.
2. 7. Selanjutnya kita lakukan optimasi
geomteri terhadap bentuk molekul yang kita buat. Klik menu Compute,
KlikGeometry Optimation… dan klik Ok saja begitu
menu pop-up muncul. Selanjutnya tunggu hingga proses optimasi selesai yang
ditandai dengan Converged = YES. (ini ada pada bagian status bar, terletak
dibagian bawah layar kerja Hyperchem.
1. 8. Berikut kalau kita ingin menampilkan
hasil dalam berbagai model, seperti yang ditawarkan pada menuDisplay,
Rendering, pilih metode rendering yang kita inginkan.
9. Berikut tampilan beberapa hasil rendering:
Tidak ada komentar:
Posting Komentar