Pungki Bagaskoro - PyMOL merupakan salah satu program visualisasi molekuler open source
yang cukup powerful saat ini. Program ini dapat ditingkatkan kinerjanya
dengan menggunakan bantuan script Python untuk menampilkan efek-efek
tertentu. Namun terkadang, ada berbagai fitur yang jarang diketahui
pengguna awam, yang dapat digunakan untuk meningkatkan efek suatu hasil
visualisasi molekuler agar lebih berkualitas. Berikut ini saya
rangkumkan beberapa tips dan trik penggunaan PyMOL bagi pengguna awam
tentunya, kalau yang udah mahir mungkin bisa memberikan koreksinya.
Setelah mempelajari (dan semoga sudah menguasai) CLI, maka tahap
selanjutnya yang disarankan sebelum bergerak ke teknik yang lebih
terarah adalah mengusai teknik visualisasi molekul. Dengan mengusai
teknik ini, setidaknya peneliti bisa mempelajari molekul baik target
maupun desain ligan dan menampilkan dalam laporan penelitian/publikasi
ilmiah maupun presentasi yang cantik. Dengan menguasai teknik ini saja
(dan tentunya dengan latar belakang sebagai kimiawan medisinal), metode
rancangan obat berbasis struktur (ROBS); atau dalam Bahasa Inggris structure-based drug design (SBDD)) secara de novo.
Cara memasang software PyMOL di Linux (Sekar OS):
Cara I
a. Klik Start
b. Klik Ubuntu Software Center
c. Klik Science & Engineering pada list bagian kiri
d. Klik Chemistry
e. Klik Tombol Install pada SoftwarePyMOL
Cara II
a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator
b. Ketik: sudo apt-get install PyMOL
c. Klik Enter
a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator
b. Ketik: sudo dpkg -i (PyMOL).deb
c. Klik Enter
berikut adalah tutorial penggunaan aplikasi Pymol
Buka aplikasi Pymol akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular Graphic System dan Pymol Viewer.
jika ingin mengetahui Van der Walls radius tinggal pilih L-toolbar → vdw radius
pilih S-toolbar → dots
dan kemudian jika ingin mengetahui mesh dan surface pilih S-toolbar→ mesh dan S-toolbar → surface
Get view dan kemudian Orient
Buka aplikasi Pymol akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular Graphic System dan Pymol Viewer.
Klik toolbar build pada Molecular Graphic System , akan muncul banyak pilihan, missal kita pilih fitur Residue →Aspartate
kemudian apabila anda ingin mengubah-ubah tampilnnya kita bisa memilih
fitur-fitur yang ada di sebelah kanan, untuk mengetahui formal charge
kita bisa pilih fitur L-toolbar → other properties → formal charge
jika ingin mengetahui Van der Walls radius tinggal pilih L-toolbar → vdw radius
untuk mengetahui symbols pilih L-toolbar → element symbol
pilih S-toolbar → dots
dan kemudian jika ingin mengetahui mesh dan surface pilih S-toolbar→ mesh dan S-toolbar → surface
Get view dan kemudian Orient
Selamat Mencoba.. :)
Tidak ada komentar:
Posting Komentar