Green Chemistry

Green Chemistry

Kamis, 04 Desember 2014

TUTORIAL SOFTWARE PyMOL

 

Pungki Bagaskoro - PyMOL merupakan salah satu program visualisasi molekuler open source yang cukup powerful saat ini. Program ini dapat ditingkatkan kinerjanya dengan menggunakan bantuan script Python untuk menampilkan efek-efek tertentu. Namun terkadang, ada berbagai fitur yang jarang diketahui pengguna awam, yang dapat digunakan untuk meningkatkan efek suatu hasil visualisasi molekuler agar lebih berkualitas. Berikut ini saya rangkumkan beberapa tips dan trik penggunaan PyMOL bagi pengguna awam tentunya, kalau yang udah mahir mungkin bisa memberikan koreksinya.

Setelah mempelajari (dan semoga sudah menguasai) CLI, maka tahap selanjutnya yang disarankan sebelum bergerak ke teknik yang lebih terarah adalah mengusai teknik visualisasi molekul. Dengan mengusai teknik ini, setidaknya peneliti bisa mempelajari molekul baik target maupun desain ligan dan menampilkan dalam laporan penelitian/publikasi ilmiah maupun presentasi yang cantik.  Dengan menguasai teknik ini saja (dan tentunya dengan latar belakang sebagai kimiawan medisinal), metode rancangan obat berbasis struktur (ROBS); atau dalam Bahasa Inggris structure-based drug design (SBDD)) secara de novo.

Cara memasang software PyMOL di Linux (Sekar OS):
 
    Cara I

a. Klik Start
b. Klik Ubuntu Software Center
c. Klik Science & Engineering pada list bagian kiri
d. Klik Chemistry
e. Klik Tombol Install pada SoftwarePyMOL


     Cara II

a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator
b. Ketik: sudo apt-get install PyMOL
c. Klik Enter 

     Cara III
a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator
b. Ketik: sudo dpkg -i (PyMOL).deb
c. Klik Enter
 
berikut adalah tutorial penggunaan aplikasi Pymol
Buka aplikasi Pymol akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular Graphic System dan Pymol Viewer.



 Klik toolbar build pada Molecular Graphic System , akan muncul banyak pilihan, missal kita pilih fitur Residue →Aspartate





kemudian apabila anda ingin mengubah-ubah tampilnnya kita bisa memilih fitur-fitur yang ada di sebelah kanan, untuk mengetahui formal charge kita bisa pilih fitur L-toolbar → other properties → formal charge


jika ingin mengetahui Van der Walls radius tinggal pilih L-toolbar → vdw radius





untuk mengetahui symbols pilih L-toolbar → element symbol


pilih S-toolbar → dots



dan kemudian jika ingin mengetahui mesh dan surface pilih S-toolbar→ mesh dan S-toolbar → surface



Get view dan kemudian Orient

 
 Selamat Mencoba.. :)
 

Tidak ada komentar:

Posting Komentar