TUTORIAL SOFTWARE JMOL

Jmol adalah software visualisasi struktur molekul dalam tiga dimensi yang ditulis dengan program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca berbagai jenis file input dan output dari program-program kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan modus normal yang dihitung dari program kuantum.

Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi file multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.

1. Cara memasang software JMOL di Linux (Sekar OS):

    Cara I

a. Klik Start

b. Klik Ubuntu Software Center

c. Klik Science & Engineering pada list bagian kiri

d. Klik Chemistry

e. Klik Tombol Install pada Software JMOL

     Cara II

a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator

b. Ketik: sudo apt-get install Jmol

c. Klik Enter 

     Cara III

a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator

b. Ketik: sudo dpkg -i (jmol).deb

c. Klik Enter

2. Cara menggunakan Software JMOL:

1. Halaman yang pertama muncul adalah sebagai berikut:


2. open the model kit


3. Tambahkan model atom dengan cara klik pada bagian atom yang akan ditambahkan


4. Untuk mengetahui jarak antar inti atom, dapat dipiih tool yang bergambar penggaris. kemudian klik pada dua atom yang akan diukur jaraknya.


5. pilih menu display,tambahkan bonding box, kemudian untuk melihat atom dari sisi depan,atas ,kanan ataupun kiri caranya pilih menu view. dibawah ini adalah contoh penampakan dari depan.


6. untuk kembali ke bentuk semula bisa pilih tool yang simbonya rumah.
7. Untuk memberi nama masing-masing atom caranya pilih menu display kemudian pilih label dan klik symbol.


8. pilih menu display lagi, tambahkan axes.