Green Chemistry

Green Chemistry

Sabtu, 06 Desember 2014

About Me

Hello Guys, Welcome To My Blog! My name's Pungki Bagaskoro, and here is my full biodata! check this out!

Nama Lengkap       : Pungki Bagaskoro
Nama Panggilan      : Pungki, Ibas, Wax, PakKetu, Sumbang, Telkem, Oppa, Prince Frog, Anak Jahat
TTL                        : Banyumas, 6 Februari 1995
Riwayat Pendidikan :
  • SD            : SD Negeri 2 Banjarsari Wetan
  • SMP         : SMP Negeri 2 Sumbang
  • SMA        : SMA Negeri 5 Purwokerto
Universitas: Universitas Negeri Semarang, Fakultas MIPA, Jurusan Kimia, Prodi Pendidikan Kimia
Riwayat Organisasi:
  • OSIS SMP 2007/2008, 2008/2009 (inactive)
  • Seksi Penyelidikan Pramuka SMP 2007/2008
  • Pradana Pramuka SMP 2008/2009
  • Bina Vokalia (Bass)
Penghargaan:
  • Juara 3 Story Telling Tingkat Kabupaten
  • Juara Harapan 2 Speech Contest Tingkat Kabupaten
  • Juara 3 Bercerita Sejarah Islam Tingkat Komda
  • Juara 1 Cipta Baca Puisi
  • Juara Harapan 1 Lintas Penggalang
  • Juara 2 LT
Hobby                    : Menggambar, Menyanyi, Kumpul bareng temen
Idola                       : Girls' Generation, Raisa
Makanan Favorit    : Pete, Semur Jengkol
Minuman Favorit     : air putih
Quote Favorit         : Be Best, Be First or Be Different!

HIDROKARBON




Dalam bidang kimia, hidrokarbon adalah sebuah senyawa yang terdiri dari unsur atom karbon (C) dan atom hidrogen (H). Seluruh hidrokarbon memiliki rantai karbon dan atom-atom hidrogen yang berikatan dengan rantai tersebut. Istilah tersebut digunakan juga sebagai pengertian dari hidrokarbon alifatik.

Sebagai contoh, metana (gas rawa) adalah hidrokarbon dengan satu atom karbon dan empat atom hidrogen: CH4. Etana adalah hidrokarbon (lebih terperinci, sebuah alkana) yang terdiri dari dua atom karbon bersatu dengan sebuah ikatan tunggal, masing-masing mengikat tiga atom karbon: C2H6. Propana memiliki tiga atom C (C3H8) dan seterusnya (CnH2·n+2)

Klasifikasi Hidrokarbon

Klasifikasi hidrokarbon yang dikelompokkan oleh tatanama organik adalah:
Hidrokarbon jenuh/tersaturasi (alkana) adalah hidrokarbon yang paling sederhana. Hidrokarbon ini seluruhnya terdiri dari ikatan tunggal dan terikat dengan hidrogen. Rumus umum untuk hidrokarbon tersaturasi adalah CnH2n+2.Hidrokarbon jenuh merupakan komposisi utama pada bahan bakar fosil dan ditemukan dalam bentuk rantai lurus maupun bercabang. Hidrokarbon dengan rumus molekul sama tapi rumus strukturnya berbeda dinamakan isomer struktur.
Hidrokarbon tak jenuh/tak tersaturasi adalah hidrokarbon yang memiliki satu atau lebih ikatan rangkap, baik rangkap dua maupun rangkap tiga. Hidrokarbon yang mempunyai ikatan rangkap dua disebut dengan alkena, dengan rumus umum CnH2n.Hidrokarbon yang mempunyai ikatan rangkap tiga disebut alkuna, dengan rumus umum CnH2n-2.
Sikloalkana adalah hidrokarbon yang mengandung satu atau lebih cincin karbon. Rumus umum untuk hidrokarbon jenuh dengan 1 cincin adalah CnH2n.
Hidrokarbon aromatik, juga dikenal dengan arena, adalah hidrokarbon yang paling tidak mempunyai satu cincin aromatik.

Hidrokarbon dapat berbentuk gas (contohnya metana dan propana), cairan (contohnya heksana dan benzena), lilin atau padatan dengan titik didih rendah (contohnya paraffin wax dan naftalena) atau polimer (contohnya polietilena, polipropilena dan polistirena).

Ciri-ciri umumKarena struktur molekulnya berbeda, maka rumus empiris antara hidrokarbon pun juga berbeda: jumlah hidrokarbon yang diikat pada alkena dan alkuna pasti lebih sedikit karena atom karbonnya berikatan rangkap.

Kemampuan hidrokarbon untuk berikatan dengan dirinya sendiri disebut dengan katenasi, dan menyebabkan hidrokarbon bisa membentuk senyawa-senyawa yang lebih kompleks, seperti sikloheksana atau arena seperti benzena. Kemampuan ini didapat karena karakteristik ikatan diantara atom karbon bersifat non-polar.

Sesuai dengan teori ikatan valensi, atom karbon harus memenuhi aturan “4-hidrogen” yang menyatakan jumlah atom maksimum yang dapat berikatan dengan karbon, karena karbon mempunyai 4 elektron valensi. Dilihat dari elektron valensi ini, maka karbon mempunyai 4 elektron yang bisa membentuk ikatan kovalen atau ikatan dativ.

Hidrokarbon bersifat hidrofobik dan termasuk dalam lipid.

Beberapa hidrokarbon tersedia melimpah di tata surya. Danau berisi metana dan etana cair telah ditemukan pada Titan, satelit alam terbesar Saturnus, seperti dinyatakan oleh Misi Cassini-Huygens.

Hidrokarbon sederhana dan variasinya

Jumlah atom
karbon

Alkana(1 ikatan)

Alkena(2 ikatan)

Alkuna (3 ikatan)

Sikloalkana

Alkadiena
1
Metana
Metena
Metuna
2
Etana
Etena (etilena)
Etuna (asetilena)
3
Propana
Propena (propilena)
Propuna (metilasetilena)
Siklopropana
Propadiena (alena)
4
Butana
Butena (butilena)
Butuna
Siklobutana
Butadiena
5
Pentana
Pentena
Pentuna
Siklopentana
Pentadiena (piperylene)
6
Heksana
Heksena
Heksuna
Sikloheksana
Heksadiena
7
Heptana
Heptena
Heptuna
Sikloheptana
Heptadiena
8
Oktana
Oktena
Oktuna
Siklooktana
Oktadiena
9
Nonana
Nonena
Nonuna
Siklononana
Nonadiena
10
Dekana
Dekena
Dekuna
Siklodekana
Dekadiena


PenggunaanHidrokarbon adalah salah satu sumber energi paling penting di bumi. Penggunaan yang utama adalah sebagai sumber bahan bakar. Dalam bentuk padat, hidrokarbon adalah salah satu komposisi pembentuk aspal.[6]

Hidrokarbon dulu juga pernah digunakan untuk pembuatan klorofluorokarbon, zat yang digunakan sebagai propelan pada semprotan nyamuk. Saat ini klorofluorokarbon tidak lagi digunakan karena memiliki efek buruk terhadap lapisan ozon.

Metana dan etana berbentuk gas dalam suhu ruangan dan tidak mudah dicairkan dengan tekanan begitu saja. Propana lebih mudah untuk dicairkan, dan biasanya dijual di tabung-tabung dalam bentuk cair. Butana sangat mudah dicairkan, sehingga lebih aman dan sering digunakan untuk pemantik rokok. Pentana berbentuk cairan bening pada suhu ruangan, biasanya digunakan di industri sebagai pelarut wax dan gemuk. Heksana biasanya juga digunakan sebagai pelarut kimia dan termasuk dalam komposisi bensin.

Heksana, heptana, oktana, nonana, dekana, termasuk dengan alkena dan beberapa sikloalkana merupakan komponen penting pada bensin, nafta, bahan bakar jet, dan pelarut industri. Dengan bertambahnya atom karbon, maka hidrokarbon yang berbentuk linear akan memiliki sifat viskositas dan titik didih lebih tinggi, dengan warna lebih gelap.

ALKANA

Alkana (juga disebut dengan parafin) adalah senyawa kimia hidrokarbon jenuh asiklis. Alkana termasuk senyawa alifatik. Dengan kata lain, alkana adalah sebuah rantai karbon panjang dengan ikatan-ikatan tunggal. Rumus umum untuk alkana adalah CnH2n+2. Alkana yang paling sederhana adalah metana dengan rumus CH4. Tidak ada batasan berapa karbon yang dapat terikat bersama. Beberapa jenis minyak dan wax adalah contoh alkana dengan atom jumlah atom karbon yang besar, bisa lebih dari 10 atom karbon.

Setiap atom karbon mempunyai 4 ikatan (baik ikatan C-H atau ikatan C-C), dan setiap atom hidrogen mesti berikatan dengan atom karbon (ikatan H-C). Sebuah kumpulan dari atom karbon yang terangkai disebut juga dengan rumus kerangka. Secara umum, jumlah atom karbon digunakan untuk mengukur berapa besar ukuran alkana tersebut (contohnya: C2-alkana).

Gugus alkil, biasanya disingkat dengan simbol R, adalah gugus fungsional, yang seperti alkana, terdiri dari ikatan karbon tunggal dan atom hidrogen, contohnya adalah metil atau gugus etil.

Klasifikasi struktur

Hidorkarbon tersaturasi dapat berupa:
  1. lurus (rumus umum CnH2n + 2), kerangka karbon membentuk rantai lurus tanpa ada cabang
  2. bercabang (rumus umum CnH2n + 2, n > 3), kerangka karbon utamanya mempunyai cabang-cabang.
  3. siklik (rumus umum CnH2n, n > 2), ujung-ujung kerangka karbonnya bertemu sehingga membentuk suatu siklus.
Menurut definisi dari IUPAC, 2 golongan pertama di atas dinamakan alkana, sedangkan golongan yang ketiga disebut dengan sikloalkana.Hidrokarbon tersaturasi juga dapat membentuk gabungan ketiga macam rantai diatas, misalnya linear dengan siklik membentuk polisiklik. Senyawa seperti ini masih disebut dengan alkana (walaupun tidak mempunyai rumus umum), sepanjang tetap berupa asiklik (tidak seperti siklus).

Keisomeran


C4-alkana dan -sikloalkana yang berbeda-beda (kiri ke kanan): n-butana dan isobutana adalah 2 isomer C4H10; siklobutana dan metilsiklopropana adalah 2 isomer C4H8.
Bisiklo[1.1.0]butana (C4H6) tidak mempunyai isomer; tetrahedrana (tidak terlihat) (C4H4) juga tidak mempunyai isomer.
Alkana dengan 3 atom karbon atau lebih dapat disusun dengan banyak macam cara, membentuk isomer struktur yang berbeda-beda. Sebuah isomer, sebagai sebuah bagian, mirip dengan anagram kimia, tapi berbeda dengan anagram, isomer dapat berisi jumlah komponen dan atom yang berbeda-beda, sehingga sebuah senyawa kimia dapat disusun berbeda-beda strukturnya membentuk kombinasi dan permutasi yang beraneka ragam. Isomer paling sederhana dari sebuah alkana adalah ketika atom karbonnya terpasang pada rantai tunggal tanpa ada cabang. Isomer ini disebut dengan n-isomer (n untuk “normal”, penulisannya kadang-kadang tidak dibutuhkan). Meskipun begitu, rantai karbon dapat juga bercabang di banyak letak. Kemungkinan jumlah isomer akan meningkat tajam ketika jumlah atom karbonnya semakin besar.
Contohnya:
C1: tidak memiliki isomer: metana
C2: tidak memiliki isomer: etana
C3: tidak memiliki isomer: propana
C4: 2 isomer: n-butana & isobutana
C5: 3 isomer: pentana, isopentana, neopentana
C6: 5 isomer: heksana, 2-Metilpentana, 3-Metilpentana, 2,3-Dimetilbutana & 2,2-Dimetilbutana
C12: 355 isomer
C32: 27.711.253.769 isomer
C60: 22.158.734.535.770.411.074.184 isomer, banyak diantaranya tidak stabil.

Tata nama

Tata nama IUPAC untuk alkana didasarkan dari identifikasi rantai hidrokarbon. Rantai hidrokarbon tersaturasi, tidak bercabang maka dinamai sistematis dengan akhiran “-ana”.

Rantai karbon lurus

Alkana rantai karbon lurus biasanya dikenalo dengan awalan n- (singkatan dari normal) ketika tidak ada isomer. Meskipun tidak diwajibkan, tapi penamaan ini penting karena alkana rantai lurus dan rantai bercabang memiliki sifat yang berbeda. Misalnya n-heksana atau 2- atau 3-metilpentana.
Anggota dari rantai lurus ini adalah:
Metana, CH4 – 1 karbon dan 4 hidrogen
Etana, C2H6 – 2 karbon dan 6 hidrogen
Propana, C3H8 – 3 karbon dan 8 hidrogen
Butana, C4H10 – 4 karbon dan 10 hidrogen
pentana, C5H12 – 5 karbon dan 12 hidrogen
heksana, C6H14 – 6 carbon dan 14 hidrogen
Mulai dengan jumlah karbon mulai dari lima diberi nama dengan imbuhan jumlah yang ditentukan IUPAC diakhiri dengan -ana. Contohnya antara lain adalah pentana, heksana, heptana, dan oktana.

Rantai karbon bercabang

Model dari isopentana (nama umum) atau 2-metilbutana (nama sistematik IUPAC)
Untuk memberi nama alkana dengan rantai bercabang digunakan langkah-langkah berikut:
Cari rantai atom karbon terpanjang
Beri nomor pada rantai tersebut, dimulai dari ujung yang terdekat dengan cabang
Beri nama pada cabang-cabangnya
Nama alkana dimulai dengan nomor letak cabang, nama cabang, dan nama rantai utama. Contohnya adalah 2,2,4-trimetilpentana yang disebut juga isooktana. Rantai terpanjangnya adalah pentana, dengan tiga buah cabang metil (trimetil) pada karbon nomor 2, 2, dan 4.
   
Alkana siklik

Sikloalkana adalah hidrokarbon yang seperti alkana, tapi rantai karbonnya membentuk cincin.
Sikloalkana sederhana mempunyai awalan “siklo-” untuk membendakannya dari alkana. Penamaan sikloalkana dilihat dari berapa banyak atom karbon yang dikandungnya, misalnya siklopentana (C5H10) adalah sikloalkana dengan 5 atom karbon seperti pentana(C5H12), hanya saja pada siklopentana kelima atom karbonnya membentuk cincin. Hal yang sama berlaku untuk propana dan siklopropana, butana dan siklobutana, dll.
Sikloalkana substitusi dinamai mirip dengan alkana substitusi – cincin sikloalkananya tetap ada, dan substituennya dinamai sesuai dengan posisi mereka pada cincin tersebut, pemberian nomornya mengikuti aturan Cahn-Ingold-Prelog.[3]

Nama-nama trivial

Nama trivial (non-IUPAC) dari alkana adalah “parafin.” Nama trivial dari senyawa-senyawa ini biasanya diambil dari artefak-artefak sejarah. Nama trivial digunakan sebelum ada nama sistematik, dan sampai saat ini masih digunakan karena penggunaannya familier di industri.
Dapat hampir dipastikan kalau nama parafin diambil dari industri petrokimia. Alkana rantai bercabang disebut isoparafin. Penggunaan kata “paraffin” untuk sebutan secara umum dan seringkali tidak membedakan antara senyawa murni dan campuran isomer dengan rumus kimia yang sama.
Beberapa nama ini dipertahankan oleh IUPAC
Isobutana untuk 2-metilpropana
Isopentana untuk 2-metilbutana
Isooktana untuk 2,2,4-trimetilpentana
Neopentana untuk 2,2-dimetilpropana

Ciri-ciri fisik
Tabel alkana
Alkana
Rumus
Titik didih [°C]
Titik lebur [°C]
Massa jenis [g·cm3] (20°C)
Metana
CH4
-162
-183
gas
Etana
C2H6
-89
-172
gas
Propana
C3H8
-42
-188
gas
Butana
C4H10
0
-138
gas
Pentana
C5H12
36
-130
0.626 (cairan)
Heksana
C6H14
69
-95
0.659 (cairan)
Heptana
C7H16
98
-91
0.684 (cairan)
Oktana
C8H18
126
-57
0.703 (cairan)
Nonana
C9H20
151
-54
0.718 (cairan)
Dekana
C10H22
174
-30
0.730 (cairan)
Undekana
C11H24
196
-26
0.740 (cairan)
Dodekana
C12H26
216
-10
0.749 (cairan)
Ikosana
C20H42
343
37
padat
Triakontana
C30H62
450
66
padat
Tetrakontana
C40H82
525
82
padat
Pentakontana
C50H102
575
91
padat
Heksakontana
C60H122
625
100
padat
ALKENA

Alkena atau olefin dalam kimia organik adalah hidrokarbon tak jenuh dengan sebuah ikatan rangkap dua antara atom karbon. Alkena asiklik yang paling sederhana, yang membentuk satu ikatan rangkap dan tidak berikatan dengan gugus fungsional manapun, maka akan membentuk suatu kelompok hidrokarbon dengan rumus umum CnH2n.
Alkena yang paling sederhana adalah etena atau etilena (C2H4) Senyawa aromatik seringkali juga digambarkan seperti alkena siklik, tapi struktur dan ciri-ciri mereka berbeda sehingga tidak dianggap sebagai alkena

Tatanama IUPAC

Untuk mengikuti tatanama IUPAC, maka seluruh alkena memiliki nama yang diakhiri -ena. Pada dasarnya, nama alkena diambil dari nama alkana dengan menggantikan akhiran -ana dengan -ena. C2H6 adalah alkana bernama etana sehingga C2H4 diberi nama etena.
Pada alkena yang memiliki kemungkinan ikatan rangkap di beberapa tempat, digunakan penomoran dimulai dari ujung yang terdekat dengan ikatan tersebut sehingga atom karbon pada ikatan rangkap bernomor sekecil mungkin untuk membedakan isomernya. Contohnya adalah 1-heksena dan 2-heksena. Penamaan cabang sama dengan alkana.
Pada alkena yang lebih tinggi, dimana terdapat isomer yang letaknya berbeda dengan letak ikatan rangkap, maka sistem penomoran berikut ini dipakai:
Penomoran rantai karbon terpanjang dilihat dari ujung yang terdekat dengan ikatan rangkap, sehingga atom karbon pada ikatan rangkap tersebut mempunyai nomor sekecil mungkin.
Ketahui letak ikatan rangkap dengan letak karbon rangkap pertamanya.
Penamaan rantai alkena itu mirip dengan alkana.
Beri nomor pada atom karbon, ketahui letak lokasi dan nama gugusnya, ketahui letak ikatan rangkap, lalu terakhir namai rantai utamanya.

Notasi Cis-Trans

Dalam sebuah kasus khusus pada alkena dimana 2 atom karbon mempunyai 2 gugus yang sejenis, maka notasi cis-trans dapat dipakai. Jika gugus sejenis terletak pada tempat yang sama dari ikatan rangkap, maka disebut sebagai (cis-). Jika gugus sejenis terletak berseberangan, maka disebut sebagai (trans-).
Perbedaan antara isomer cis- dan trans-. Kiri: cis-2-butena, kanan: trans-2-butena.

ALKUNA

Alkuna adalah hidrokarbon tak jenuh yang memiliki ikatan rangkap tiga. Secara umum, rumus kimianya CnH2n-2. Salah satunya adalah etuna yang disebut juga sebagai asetilen dalam perdagangan atau sebagai pengelasan.

Tata Nama
Semua anggota alkuna berakhiran -una dan menurut IUPAC.

Rantai karbon lurus
Untuk alkuna rantai lurus, dinamakan sesuai dengan alkana dengan jumlah atom karbon yang sama, namun diakhiri dengan -una. Berikut adalah alkuna dengan jumlah atom karbon 2-10 disebut:
Etuna, C2H2
Propuna, C3H4
Butuna, C4H6
Pentuna, C5H8
Heksuna, C6H10
Heptuna, C7H12
Oktuna, C8H14
Nonuna, C9H16
Dekuna, C10H18

Rantai karbon bercabang
Untuk memberikan nama alkuna dengan rantai bercabang sama mirip dengan alkana rantai bercabang. Namun “rantai utama” pada proses penamaan haruslah melalui ikatan rangkap 3, dan prioritas penomoran dimulai dari ujung yang terdekat ke ikatan rangkap 3.

Sumber: http://www.wikipedia.org

Kamis, 04 Desember 2014

TUTORIAL SOFTWARE BKChem



Pungki Bagaskoro - BKChem adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur. Mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.  
Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul, definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna).
BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset). BkChem diterjemahkan dalam bahasa Inggris, Perancis, Ceko, Polandia, Jerman dan terjemahan Tradisional Cina.

untuk lebih lengkapnya, yukkk,,, mari ikuti langkah-langkah di bawah ini..1. Buka aplikasi BKchem Ada 5 bagian Pokok, diantaranya, yaitu : Main menu, Action menu, Text line with its buttons, Drawing section and Status bar section.   Nahh, nanti akan muncul tampilan seperti ini..!
2. Sebuah persegi di akhir ikatan yang menunjukkan kemungkinan ikatan lain yang bergabung, atau dengan mengetik rumus kimia pada keyboard, yang kemudian ditempatkan di persegi lain.


3. Salah satu fungsi dasar dari setiap program-UNDO, adalah tersedia dalam menu  edit atau dengan shortcut CTRL-Z .

4. Setelah memilih object-scale, kamu dapat mengubah ukuran object. ada 3 pilihan kegunaan yang bisa disesuaikan.


5. Terdapat simbol ikatan dalam menu action, tetapi ikatan tersebut dapat digambar dengan beberapa cara. Beberapa Warna menunjukkan indikasi berbeda, seperti: Hijau: sudut antara 2 ikatan; Merah: orde ikatan ; Biru: Gaya; Kuning: Panjang ikatan.

6. Ini adalah shortcuts dasar, shortcut tersebut akan digunakan oleh hampir setiap editor

BKchem dapat di unduh di http://bkchem.en.softonic.com/download
video tutorial dapat di lihat di https://www.youtube.com/watch?v=ltZmsFX-Q9o

TUTORIAL SOFTWARE OPEN BABEL

 


Cara memasang software Open Babel di Linux (Sekar OS): 

Cara I 
a. Klik Start
b. Klik Ubuntu Software Center
c. Klik Science & Engineering pada list bagian kiri
d. Klik Chemistry
e. Klik Tombol Install pada Software Open Babel


     Cara II 
a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator 
b. Ketik: sudo apt-get install Open Babel
c. Klik Enter 

     Cara III 
a. Masuk ke terminal, dengan cara klik start > Terminal Emulator atau klik kanan pada desktop > klik Terminal Emulator 
b. Ketik: sudo dpkg -i (Open Bbabel).deb 
c. Klik Enter

Program baris perintah open babelmengubah benda kimia (saat molekulatau reaksi) dari satu format file yang lain. Open babel antarmuka pengguna grafis (GUI) adalah sebuah alternatif untuk menggunakan baris perintah dan memiliki kemampuan yang samaSejak Open Babel 2.3, GUItersedia cross-platform pada Windows, Linux, dan MacOSX. Pada Windows. Anda dapat menemukannya di Start Menu di folder Open Babel; pada Linux dan MacOSX, GUI dapat dimulai dengan perintah obgui. Karena fungsi GUI cermin yang obabel, Anda harus berkonsultasi bab sebelumnya untuk belajar tentang fitur yang tersedia dan bagaimana menggunakannya.Bab ini menjelaskan penggunaan umum GUI dan kemudian berfokus pada fitur-fituryang khusus untuk GUI.


Operasi dasar :
Meskipun GUI menyajikan banyak pilihanoperasi dasar sangat muda, yaitu :Pilih jenis  tipe file masukan dari daftar dropdownKlik tombol "..." dan pilih filePilihformat output dan file dalam cara yang samaAnda hanya dapat menampilkan outputtanpa menyimpannya dengan tidak memilih file output atau dengan memeriksa"Output di bawah ini hanya ..".
Klik "Convert" tombol.Jendela pesan di bawah tombol memberikan jumlah molekuldiubahdan isi dari file output akan ditampilkan.Secara defaultsemua molekul dalamfile input dikonversi jika format outputmemungkinkan beberapa molekul.


pilihan :
Opsi di tengah orang-orang yang tepat untuk jenis objek kimia yang dikonversi(molekul atau reaksidan format input dan outputMereka berasal dari teks deskripsiyang ditampilkan dengan pilihan -Hxxx dalam antarmuka baris perintah dan dengan"info Formattombol di sini. Anda dapat menonaktifkan tampilan salah satu dari berbagai jenis pilihan menggunakan menu View jika layar terlalu berantakan.

Beberapa file masukan :
Anda dapat memilih beberapa file masukan dalam dialog file input dengan cara biasa(misalnya, menggunakan tombol Control pada Windows). Pada kotak nama file input,masing-masing nama file ditampilkan relatif terhadap jalan yang ditunjukkan tepat di atas kotakyang merupakan jalur file pertamaAnda dapat menampilkan salah satu filedengan menggerakkan puncak dengan Tab / Shift Tab, Page Up / Down, roda mouse,atau dengan mengklik ganda.
Memilih satu atau lebih nama file baru biasanya menghilangkan yang sudah ada,tetapi mereka dapat malah ditambahkan dengan menahan tombol Control turun ketika meninggalkan dialog pemilihan file.

File dapat juga menyeret dan menjatuhkan (misalnya dari Windows Explorer),menambahkan file ketika tombol Control ditekanmenggantikan file yang ada jika tidak.
Biasanya setiap file dikonversi sesuai dengan ekstensi dan file masukan tidak harussemua samatetapi jika Anda ingin menggunakan nama file non-standar yang ditetapkan kotak centang "Gunakan format ini untuk semua file masukan ..."
Jika Anda ingin menggabungkan beberapa molekul (dari satu atau lebih filemenjadi molekul tunggal dengan bagian terputuspilihan menggunakan "Bergabung semua molekul masukan "

Wildcard dalam nama file :
Ketika nama file masukan diketik secara langsungsalah satu dari mereka dapat berisi karakter wildcard * dan?. Mengetik Masukkan akan mengganti ini dengan daftar fileyang cocokNama-nama wildcarded dapat dikembalikan dengan mengetik Masukkansambil menekan tombol ShiftAsli atau versi yang diperluas akan berperilaku samaketika "Convert" tombol ditekan.
Dengan termasuk wildcard * baik input dan nama file keluaran Anda dapatmelakukan konversi batchMisalkan ada file first.smisecond.smithird.smi.Menggunakan * .smi sebagai nama file input dan * .mol sebagai nama file output yangakan menghasilkan tiga file first.molsecond.mol dan third.molJika nama filekeluaran adalah NEW _ *Molmaka file output akan NEW_first.mol, dll

input lokal
Dengan memeriksa "Input di bawah ini ...kotak centang Anda dapat mengetik teksmasukan langsungKotak teks berubah warna untuk mengingatkan Anda bahwa itu adalah teks ini dan bukan isi dari setiap file yang akan dikonversi.

Output file :
Nama file output dapat sepenuhnya ditentukan dengan jalan, tetapi jika tidakmakadianggap relatif path file input.

tampilan grafis :
Struktur kimia yang dikonversi dapat ditampilkan (seperti SVGdalam program eksternalSecara default ini adalah Firefox tetapi dapat berubah dari item padaViewmenu (misalnya, Opera dan Chrome bekerja dengan baik). Ketika "Tampilan difirefox(dengan nama file outputdiperiksastruktur akan ditampilkan di Firefox tabbaruDengan beberapa molekul layar dapat diperbesar (roda mouse) dan menyorot(menyeret dengan tombol mouse tertekan). Sampai dengan 100 molekul mudahditangani, tetapi dengan sistem yang lebih mungkin lambat untuk memanipulasiHal ini juga mungkin lambat untuk menghasilkanterutama jika koordinat 2D atom harusdihitung (egfrom SMILES). Sebuah Firefox tab baru dibuka setiap kali Convertditekan.

Menggunakan satu set terbatas format :
Sangat mungkin bahwa Anda hanya akan tertarik pada subset dari berbagai macamformat ditangani oleh Open BabelAnda dapat membatasi pilihan yang ditawarkandalam kotak dropdownyang membuat pemilihan rutin lebih mudahMengklik "Pilihset formatpada Viewmenu memungkinkan format yang akan ditampilkan untuk dipilihSelanjutnya, klik "penggunaan terbatas set formatpada menu View matikanfasilitas ini dan mematikan.
Menggunakan satu set dibatasi mengatasi bug menjengkelkan dalam versi Windows.Dalam FILEOPEN dan Simpan dialog file yang ditampilkan dapat disaring oleh format saat iniAll Kimia Formatatau All FilesSemua Kimia Format Filter hanyaakan menampilkan pertama 30 format mungkin (berdasarkan abjad). The All Filesmemang akan menampilkan semua file dan proses konversi tidak akan terpengaruh.

fitur lain
Sebagian besar parameter antarmukaseperti format yang dipilih dan ukuran jendeladan posisiyang diingat antara sesi.
Menggunakan menu Viewinput dan output kotak teks dapat diatur untuk tidakmembungkus teksSaat ini Anda harus me-restart program untuk ini akan berlaku.
Kotak pesan di bagian atas jendela teks keluaran menerima keluaran program padakesalahan dan pemeriksaan loggingdan melaporkan beberapa kemajuanHal ini dapat diperluas dengan menyeret ke pembagi antara jendela.

file contoh :

Dalam distribusi Windows, ada tiga file kimia termasuk untuk mencoba:
- Serotonin.mol yang memiliki 3D koordinat atom
- Oxamide.cml yang 2D dan memiliki sejumlah besar properti yang akan terlihatketika mengkonversi ke SDF
FourSmallMols.cml yang (tidak mengejutkan) berisi empat molekul tanpa koordinatatom dan dapat digunakan untuk menggambarkan penanganan beberapa molekul:
Mengatur format output untuk SMI (yang mudah untuk melihat), Anda dapat mengkonversi hanya molekul kedua dan ketiga dengan memasukkan 2 dan 3 dalamkotak pilihan yang sesuaiAtau mengkonversi hanya molekul dengan ikatan tunggalCO dengan memasukkan CO dalam kotak SMARTS pilihan.

Struktur penyaringan :

Kami akan menggunakan dataset dari 16 benzodiazepinIni semua sebagai berikutsubstrukturnya (gambar dari Wikipedia):


     1. Buat folder pada Desktop disebut Kerja dan menyimpan benzodiazepines.sdf ada
     2. Mengatur konversi dari SDF ke SMI dan mengatur benzodiazepines.sdf sebagaifile   input
     3. Centang Tampilan di Firefox
     4. klik CONVERT

Hapus duplikat :
Jika Anda perhatikan dengan teliti pada penggambaran molekul pertama dan terakhir(atas kiri dan kanan bawahAnda akan melihat bahwa mereka menggambarkanmolekul yang sama.

     Lihatlah string SMILES untuk molekul pertama dan terakhirJika dua molekulsebenarnya samamengapa dua string SMILES berbeda(Petunjuk: coba gunakanCAN - SMILES kanonik bukan SMI.)

Kita dapat menghapus duplikat berdasarkan Inchi (misalnya):


   
  Centang kotak di samping menghapus duplikat dengan deskripsi dan masukkaninchi sebagai deskriptor

     klik CONVERT

Duplikat dapat dihapus berdasarkan salah satu deskriptor yang tersediaDaftar lengkap dapat ditemukan dalam menu di bawah Pluginsdeskriptor.

     Apakah salah satu deskriptor lain berguna untuk menghilangkan duplikat?

Penyaringan dengan substruktur

     Berapa banyak dari molekul berisi substruktur berikut?



The SMILES string molekul ini adalah c1ccccc1FIni juga merupakan SMARTS string yang valid.

     Gunakan SMARTSviewer di ZBH Pusat BioinformatikaUniversitas Hamburg,untuk memverifikasi arti SMARTS tali c1ccccc1F.

Menghapus molekul berpotensi toksik :
Menyaring dataset molekul dengan substruktur sangat berguna jika Anda perlu untukmenghapus molekul dengan kelompok-kelompok fungsional bermasalahSebagai contoh, kelompok fungsional tertentu yang berkaitan dengan masalah toksikologi.
Mari kita menyaring molekul menggunakan substruktur ini:

     Pada bagian Options, masukkan c1ccccc1F ke dalam kotak berlabel Convert hanya jika SMARTS pertandingan atau mol dalam file
     Klik CONVERT.

     Berapa banyak struktur yang cocok?

     Sekarang semua orang yang tidak cocok dengan mendahului SMARTS filter dengantilde ~yaitu ~ c1ccccc1F.
     Klik CONVERT.

     Berapa banyak struktur tidak cocok?

Filter dengan deskripsi :
screenshot



Seperti dibahas di atas, Open Babel menyediakan beberapa deskripsiDi sini kita akanfokus pada berat molekulMW.
Untuk mulai denganmari kita menunjukkan berat molekul dalam penggambaran:

     Hapus judul yang ada dengan memasukkan satu ruang ke dalam kotak Tambahatau mengganti judul molekul
     Mengatur judul dengan berat molekul dengan memasukkan MW ke dalam kotakproperti Tambah atau deskripsi dalam daftar judul
     klik CONVERT

Anda harus melihat berat molekul di bawah setiap molekul dalam penggambaran.Perhatikan juga bahwa output SMILES memiliki berat molekul samping setiap molekulHal ini dapat berguna untuk mempersiapkan spreadsheet dengan stringSMILES dan berbagai sifat dihitung.
Sekarang mari kita mengurutkan berdasarkan berat molekul:

     Masukkan MW ke dalam kotak Urutkan berdasarkan deskripsi dan klik CONVERT

Akhirnyaberikut adalah cara untuk menyaring berdasarkan berat molekul.Perhatikan bahwa tidak ada langkah-langkah sebelumnya diperlukan untuk filteruntuk bekerjaKita akan mengkonversi semua molekul-molekul dengan berat molekulantara 300 dan 320 (dalam ekspresi berikut & menandakan Boolean AND):

     Masukkan MW300 & MW <320 ke dalam kotak Filter hanya mengkonversiketika tes adalah benar dan klik CONVERT
 
Filter oleh properti :
Format SDFsama dengan beberapa format file lainmemungkinkan bidang properti untuk setiap molekulTerbuka Babel memungkinkan pengguna untuk menyaringmenggunakan ini, tambahkan nilai ke judulmenghapus atau mengganti.
Semoga bermanfaat kak :)